1916 tavaszán a "Fokker csapás" véget ért. A szövetségesek új típusokkal jelentek meg a nyugati fronton így a Fokker Eindecker-nek nyugaton leáldozott. Vadászból üldözött lett. A német légierő benyújtotta igényét egy új kétfedelű típusra, amely felveheti a versenyt az új szövetséges típusokkal. A felkérést minden akkori nagy repülőgépgyár megkapta. Sokan úgy gondolták, hogy Fokker, aki nagy sikereket ért el az egyfedelűjével elsőként reagál erre. Érdekes módon nem így történt.

Az új típusnak jó emelkedő képességűnek, jól manőverezhetőnek, nagy teljesítményűnek és megfelelő tűzerejűnek kellett lennie. Fontos szempont volt, hogy rossz minőségű talajról is lehessen üzemeltetni. Mindezeknek a feltételeknek Fokker Eindecker, M.7 és M.10-es sorozatok már nem feleltek meg. Teljesen újra kellett gondolnia a korábbi fejlesztéseket.

A legfontosabb egy jó motor kiválasztása, mert ez határozza meg a tervezendő gép méretét és súlyát és ezáltal a szerkezetét. Fokker a vízhűtéses motor helyett inkább léghűtéses motort keresett. Az E.IV-en már kipróbálta az Oberursal UR.III-at, ami 160LE-s volt. Azonban a 14 hengeres motor amelyen a hengerek két sorban voltak elrendezve nagy giroszkópikus erőt fejtett ki. Ez a motor egy könnyű gép manőverezhetőségénél súlyos kompromisszumokkal jár mivel a motor erejének a szabályozásakor magasságot veszt a repülőgép (angolban a blipp switch szót használják erre, ez egy olyan kapcsoló, aminek a hatására a forgómotor gyújtását leveszik, hogy lassulásra bírják, tehát itt nincs gázkar). 
Egy vízhűtéses motor, mint a Mercedes D.III-as a maga 160LE-vel tökéletes lenne, de ott van a többlet súly a vízhűtés miatt. Emiatt nagyobbnak és erősebbnek kell lennie a repülőgép szerkezetének. Időközben Fokker megtudta, hogy a másik versenyző az Albatros gyár "elnyelte" az összes legyártott soros motort az általa készített típushoz, így már nem állt volna rendelkezésére a megfelelő mennyiség. Ez vezetett ahhoz, hogy a 100LE-s Oberursal UR.I-es motort válassza. Más gyártók mint a Goebel és a Siemens már dolgoztak erősebb forgómotoron, de a gond velük ugyanaz volt, mint az Oberursal UR.III-al.
A motor kiválasztásával végre rá tudott fókuszálni a gép szerkezetére. A választása egy kis méretű kétfedelűre esett, melynek szárnyai egyforma fesztávolságúak, ezt preferálta leginkább. Úgy vélte, hogy a szárnyelcsavarás sokkal megbízhatóbb működést nyújt, mint a csűrőlapok és az előállítása is olcsóbb. Ezt a véleményén nem osztotta az Adlershof-ban dolgozó hivatalnokok, akik szerint egy golyótalálat el tudja vágni a kábelt, ami által összeomlik a szárnyszerkezet. A kis méretű repülőgép további előnye, hogy könnyebb üzemeltetni egy fronton levő szükségrepülőtérről.  Az egyedüli, amit átvett a M.5-ös típusból a bevált szárnyprofil. A gép szerkezeténél követte a korábbi elveit, miszerint a szárnyszerkezet fából épült a törzs pedig fémcső vázat kapott. Okos üzletember lévén az új típust megépítette mindkét motor fajtával. Az M.16 és M.18 soros vízhűtéses motort kapott az M.17 és M.19 forgómotort. Az is tervben volt, hogy mindegyik típusból készül egy együléses és egy kétüléses verzió.  Az együléses esetén a szárnyfesztáv kisebb lett volna illetve oldalanként csak egy-egy pár szárnymerevítő dúc került volna beépítésre, a kétüléses nagyobb fesztávolsággal és oldalanként két-két szárnymerevítő dúccal készült volna. Az előbbi jelölése egy nagy E (einsteilig) az utóbbi nagy Z (zweisteilig). Mindegyik típus megépült volna csűrővel is és szárnyelcsavarással is.
A sorozat első példánya, amelyik elkészült az M.16E volt. Ez egy soros vízhűtéses motorral szerelt oldalankénti egy-egy szárnydúcos prototípus volt. Az alsó és felső szárnyak egyező alakúakkal és fesztávval készültek, az M.5 profilját használták fel. Az alsó szárnyat az törzs alsó főtartójához a felső szárny hátsó főtartóját a törzs felső főtartóhoz rögzítették, míg a felső szárny elülső főtartóját összeépítették a törzzsel. A pilótafülke a felső szárny főtartói közé került. A feje és a vállai a szárny fölött helyezkedtek el, így kitűnő kilátást nyújtott szintben és felfelé. Előre és lefelé csökkentett volt a láthatóság. Előre a motor miatt, lefelé a szárnyak és a törzs miatt. Az M.17E-be vízhűtéses 100LE-s Mercedes került. A hűtőradiátorok a törzs elülső részére kerültek mindkét oldalra. A gép törzse nagyon hasonlított az M.5-ös típus törzsére. A futómű új tervezésű és V alakú lett. A szárnyak és a futómű acélhuzal erősítést kapott. A repülőbe szárnyelcsavarást építettek. Egy LMG 08/15-ös géppuskát szereltek be fegyverzetként.
Az M.16E 1915 végére készült el, berepülését 1915-16 telén végezték el. A repülőgép teljesítménye nem volt kielégítő így a harci terheléssel ki sem tudták próbálni. Alkalmatlan volt a katonai szolgálatra.
A következő példány amelyet befejeztek az M.16Z kétüléses oldalankénti két szárnydúcos prototípus volt, amelybe vízhűtéses 160LE-s Mercedes D.III-as motort építettek be. A szárnyak beépítése megegyezett az M16E-nél alkalmazott eljárással, a szárnyprofil ugyancsak az M.5-ből származott. Ugyancsak szárnyelcsavarással oldották meg az oldalkormányzást illetve az oldalkormány előrébb építették be és szögletes formát kapott. A futómű megegyezett az M.16E-nél kidolgozott példányéval, a motor pedig teljes fém burkolatot kapott, alulról pedig áramvonalazott fém vázat illetve szövet burkolatot, hogy könnyebben hűljön, de ez nem segített rajta sőt, a szerelést megnehezítette.
Fokker szándéka szerint ezt egy kétüléses vadászként lehetett volna alkalmazni, de a 160LE-s motor nem nyújtott elegendő teljesítményt a két személynek a fegyverzetnek és a lőszernek. A német hadvezetést sem győzte meg a gép teljesítménye. Mindeközben párhuzamosan az Osztrák hadvezetéssel is tárgyalt, akiknek felkeltette annyira az érdeklődését, hogy kért tőlük egy Austro-Daimler 160LE-s vízhűtéses motort, amit egy példányba beszerelt és megrendelést kapott további tizenhat példányra, amennyiben a bemutató sikeres lesz. A motor beépítésre került illetve végrehajtottak néhány módosítást a prototípuson. A kész gépet Aspern-be szállították az osztrák tesztközpontba 1916 április 13-án. Mindeközben az Aviatik gyár licenc alatt legyártott egy második prototípust, amelyik repülési teszt közben összetört. Ekkor a teljes megrendelést törölték. Az egyetlen megmaradt példányt a Flek 6-hoz irányították át, amely a háború végéig raktáron megmaradt majd 1918 áprilisában leírták.
A harmadik prototípus, amely elkészült az M.17E verzió volt. Ebbe forgómotort szereltek, a gép szerkezeti kiépítése teljesen megegyezett az M.16-nál alkalmazottakkal. Az egyedüli újítás a szárnytőnél levő kivágás, hogy a pilóta lefelé jobban kiláthasson. A beépített motor egy Oberursal U.0-ás motor volt, amelyet az E.III-as típusokba építettek be. A fegyverzet egy LMG 08/15-ös géppuska volt. A pilótát védendő egy landoláskori fejreállás során egy acélcsövet építettek a kabinba a pilóta feje fölé. Az gép farkának a kialakítása megegyezett az M.16E-vel, de az oldalkormány szögletes lett és valamivel kisebb, mint az M16.Z-nél alkalmazott. A szárnykivágás ellenére a kilátás még mindig nem volt tökéletes. Az elkészült repülő könnyen kezelhető volt, de a hadsereg számára a teljesítménye ennek sem volt megfelelő. Fokker szerette és megtartotta saját használatra, a háború vége előtt biztonságba helyezte Amsterdamba.
Talán mert élvezte a típussal való repülést, ezért kitartott a koncepció mellett és alaposan átdolgozta. Az eredmény egy oldalanként egy szárnydúcos kétfedelű, ami nagyon hasonlított a korábbi verzióhoz. A fő különbség, hogy a törzs az M.5-höz hasonlított inkább, de a pilóta mögötti felső részt átdolgozta. Az alsó és felső szárny fesztávja megegyezett, de most a felső szárnyat egybeépítette. Közepén a jobb kilátás miatt kivágta. A felső szárnyat a törzshöz, egy fordított V és egy I alakú tartó rögzítette a törzshöz. A jobb előre történő kilátás miatt a géppuskát középről jobbra szerelte át. Az Oberursal UR.I-es motort szereték bele, ami 100LE-s volt, de így sem hozta a kívánt teljesítményt. A hadsereg nem rendelt belőle.
A terven történt módosítások eredményezték a következő modellt az M.17E-t. Rohamléptekben elkészítették a prototípust és 1916 tavaszán elkezdték a berepülését. Mivel égető szüksége volt a Monarchiának egy könnyen manőverezhető repülőgépre, ezért átvették a típust. Az elkészült gép sorszáma 499-es átkerült Schwerinbő Wiener-Neustadt-ba tesztelésre. Az Osztrákok összesen 24 darab M.17E-t vásároltak a törölt M.16 helyett. Csak 23-at vettek át, amelyeknek a típusjelzése Fokker B.II-es lett és a sorszámozásuk 03.61-03.83-ig terjedt. Az eredeti M.17E-től több mindenben különböztek. A törzs hátsó részét átdolgozták, a szögletes oldalkormányt lecserélték a Fokker E.III-hoz hasonló lekerekített verzióra. A felső szárny középső részét és módosították, hogy a pilóta jobban kilásson előre. Az eredeti tervek szerint oszták géppuskákat szereltek volna a gépekbe, de csak az első példány kapott végül. A 03.61-esbe egy Bergmann LMG 15nA típusú géppuska került középre a pilóta elé, szinkronizálva  a légcsavarral. Illetve egy Schwarzlose M16 géppuska a szárny középső részére, amely a légcsavar kör fölött lőtt el. Az így felszerelt gépet a Flik 11-hez küldték a Keleti Frontra 1916 júniusában csapatpróbára. Ezután visszakerült Aspernbe, ahol teszt eszközként több féle fegyverzettel kipróbálták. A maradék huszonkét repülőgépet szétosztották a Flek 4, 6 és 8 között, amelyeknél 1918-ig együléses gyakorlógépként szolgáltak.

A Fokker B.II 03.6 leírása itt olvasható. A képen látható az egyetlen olyan példány, amelyre fegyvert szereltek és a frontra szállították. A 03.61-es a Flik 11-hez került próbára 1916 júniusában. Ekkor a Flik 11 Stanislau-ban állomásozott. A Flik 11-ről korábban már írtam itt. 1918 októberében a Flek 6 bázisán állt kiképző repülőgépként.